Порядок удержания НДФЛ с доходов резидентов и нерезидентов предусмотрен п. 168.4 ст. 168 НКУ. Он применяется всеми юридическими лицами, в том числе — имеющими другие обособленные подразделения, расположенные на территории другой территориальной общины, чем такое юридическое лицо, а также обособленными подразделениями, которым в установленном порядке предоставлены полномочия по начислению, удержанию и уплате (перечислению) в бюджет налога.
Налог на доходы, начисленный работникам обособленного подразделения как самим подразделением, так и юридическим лицом — налоговым агентом, перечисляется в местный бюджет по местонахождению такого обособленного подразделения.
Следовательно, в вашем случае уплата НДФЛ осуществлялась правильно.
В соответствии с пп. «б» п. 176.2 ст. 176 НКУ, лица, имеющие статус налоговых агентов, в сроки, установленные НКУ для налогового квартала, должны подавать форму № 1ДФ в контролирующий орган по своему местонахождению. Если обособленное подразделение юридического лица не уполномочено начислять, удерживать и уплачивать (перечислять) налог в бюджет, то юридическое лицо в установленном порядке подает форму № 1ДФ в виде отдельного извлечения за такое подразделение в контролирующий орган по своему местонахождению и копию такого расчета в контролирующий орган по местонахождению обособленного подразделения.
Как следует из вышесказанного, ваша ошибка заключается в непредставлении копии формы № 1ДФ за обособленное подразделение по его местонахождению.
Соответственно, исправить ее можно путем представления копии формы № 1ДФ в орган ГФС, в котором обособленное подразделение состоит на учете.
Можем также вас порадовать: исправить данное нарушение можно без уплаты финансовых санкций.
ГФСУ в письме от 31.10.2014 г. № 9187/7/99-99-17-02-01-17 указывает, что за непредставление копий налоговых расчетов НКУ применение штрафных санкций не предусмотрено.