Действительно, согласно пп. 164.2.17 п. 164.2 ст. 164 НКУ, доход, полученный безвозмездно как дополнительное благо в виде стоимости проезда, включается в сумму общего месячного (годового) налогооблагаемого дохода налогоплательщика.
Однако, исходя из положений НКУ, доход, подученный физическим лицом, в том числе и в виде дополнительного блага, в части налогообложения рассматривается при его получении конкретным налогоплательщиком.
Так как в вашей ситуации в первичных документах не указана стоимость проезда для каждого сотрудника, то есть отсутствует персонификация, следовательно, осуществить обложение стоимости проезда НДФЛ и военным сбором не представляется возможным.